原文はこちらにあります。
https://www.dropbox.com/s/v3lyivwgdoro7yn/Slicer4.10minute_SoniaPujol.pdf?dl=0%7C
秒速チュートリアル、そんな簡単に使えるものか早速やってみます。
Sliser4 software と dataset
ダウンロードサイトは
ここで使用する dataset は下記からダウンロードできるそうです。PDF とはちょっと説明が違います。
https://www.slicer.org/w/img_auth.php/c/c4/Slicer4minute.zip
きを取り直して、Slicer 4.11 をダウンロードして起動してみます。
3D Slicer の画面
- Slicer の画面は、MRML(Medical Reality Modeling Language) ファイルで構成されており、そのさまざまな要素が Slicer に呼び込まれます。(体積的な形状、基準、変換形式 などなど)
- これから使用する例 "Slicer4munite.mrml" では頭部のMRI scan と3D モデルが含まれています。
- この画面とdataset がMRB（Medical Reality Bundle)fファイルに保管されています。
- MRB file は圧縮ファイルの形式になっています。
なるほど、では、このファイルを読み込んでみましょう。
Slicer4minute.zip をダウンロードして展開すると、
確かに、mrb というファイルがあります。これをおそらく読み込むのでしょう。
ドラックドロップで読み込めるようです。
PDFの説明通り、頭部の画面とそのMRI スキャンの画像が表示されました。
3D 視点
つぎに、Models を選択するそうです。
次に赤いバーの左端っこにある pin アイコンをクリックしてメニュー画面を出します。
瞼が閉じた瞳のアイコンをクリックすると。
瞳が開き、投影面を表示させることができます。赤いバーは、現在MRの軸方向のスライスを表示することになっています。内部の構造モデルを透過させるには、PDFの説明バージョンが 4.10 なのでしょうが、現在の安定板は 4.11 とっているため、微妙に操作法が違います。
おそらくこの頭部の頭骨モデルが、skull_born.vtk モデルなのでしょう。次の説明には、3D Viewer にマウスのポインターを持っていき、左クックをしてつかみ、回転させる、右クリックはズームインとズームアウトだそうです。右クリックして上下に移動すれば、ズームインとズームアウトですね。
解剖学的視点
直感的に、今度は、緑のバーの pin アイコンをクリックして瞼のアイコンを開けば、冠状面 での投影、黄色のバーなら、矢状面になると想像ができます。
３D視点
PDF の説明では、brain white matter (脳の白質)モデルを見るために、骨格モデルの表示をやめるとありますが、skull_born だけじゃなくて、skin も閉じるのでしょうね、
これで、脳の白質と視神経が表示されていることになります。
脳の白質が邪魔で視神経だけ見たいので、冠状面の手前側だけ、脳の白質の表示を取り除きたいので、
最後の部分は、アニメーションによる軸回転です。
おそらく4分あれば確かに一連の動作はわかると思います。チュートリアルはほかにもあるそうなのでまずは、初めて触ってどんな動作をしているかを、分速チュートリアルで試してみました。